第一审程序是整个刑事审判的基础和关键，提高第一审程序的审判质量对于保证公正审判尤为重要。这次刑事诉讼法修改针对司法实践中第一审程序存在的问题进行了修改完善。主要有以下几个方面：
（一）明确检察院提起公诉时向法院全案移送案卷和证据
1996年修改刑事诉讼法时，为克服法官先入为主、先定后审，防止庭审过程形式化，将法官对案件材料的庭前审查由实体审查改为形式审查，设计了检察院起诉不移送案卷，案件事实是否清楚，证据是否确实、充分，一切等控辩双方在法庭上经过举证、质证后，由法官居中作出判决的审判模式。但从这些年的审判实践情况看，这项改革并没有达到预期目的。法官反映，过去全案移送所有的证据，包括不利于被告人的证据，法官可以全面了解案情，律师也可以通过阅卷了解有利于被告人的证据，现在检察院移送案卷材料只是证据目录、证人名单和主要证据复印件。有的检察机关为了获得庭审效果，案卷所附证据很少，甚至一些主要证据也不附，开庭时才大量举证；有的仅附有利于指控的证据，法官在开庭前只能接触到证明有罪的证据。由于法官在开庭前没有全面阅卷，事先对案件情况不明，庭审中难以把握主要问题，加之证人不出庭，稍复杂一些的案件，一次庭审很难解决事实争议和证据采信问题。且目前法官基本上不具备经过当庭审理即对案件事实证据作出正确判断的能力，即使开庭后心里还是没有底，还要在庭审后阅卷、调查、核实证据。这样的结果，实际上是将过去庭审改革前法官在开庭前对案件的“先定后审”变为现在的“先审后定”，更加费时费力。在目前的司法职权配置情况和审判制度下，于庭前全面审阅卷宗材料很有必要。特别是对于那些重大、疑难、复杂案件，庭前审阅案卷不仅有助于把握庭审重点，而且有助于发现证据中存在的疑点，以便及时建议检察机关进行补充侦查，有助于全面查清案件事实，提高诉讼效率，最大限度地实现实体公正。另外，检察院起诉时不全案移送案卷，需要复印大量材料，加大了诉讼成本，实践中有的经济困难地区，实际上一直还在实行案卷移送制度，建议恢复起诉时全部案卷、证据移送制度。这次刑事诉讼法修改采纳了这个意见，第一百七十二条规定：“人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。”
在草案研究讨论过程中，人民法院对于检察机关提起公诉案件移送的案卷材料和证据只作“形式审查”还是进行“实质性审查”，法院对案卷材料审查后，对证据明显不够确实、充分的，有无驳回检察院起诉的权力问题，展开了热烈的讨论。最高人民法院和一些法律专家认为，根据现行刑事诉讼法的规定，人民法院对检察机关提起公诉的案件只作形式审查，只要检察机关起诉时具备法定的形式要件法庭就应当开庭审理，这为检察机关滥用起诉权提供了“便利条件”。一些案件由于证据不确实、不充分，根本达不到定罪的标准，检察机关仍然起诉，法院必须开庭审理，既浪费了司法资源，又影响了司法公正。建议这次刑事诉讼法修改，规定检察机关将全部案卷材料、证据移送法院后，法官有权对案件材料和证据进行实质性审查。对于起诉书中有明确的指控犯罪事实，但明显事实不清、证据不够确实、充分，不符合起诉条件的，建议增加“法院可以建议人民检察院撤回起诉；人民检察院不撤回的，人民法院可以裁定驳回起诉”的规定。司法实践中由于种种原因，有的起诉至法院的公诉案件，明显不符合法定的“犯罪事实已经查清，证据确实、充分”的起诉条件，造成人民法院受案后“定放两难”的案件，在各地都有不同程度存在，各级法院对此反映强烈。赵作海案再审后，有些地方法院下大决心清理此类案件，一些被告人被宣告无罪，但由此一度引起公检法之间工作关系紧张，导致协调难度加大。鉴于此，建议对起诉至法院的公诉案件，应当设置必要的“筛选”程序，以解决“定放两难”问题。主要理由：
（1）由于证据存在重大疑问导致“定放两难”的案件尽管数量不多，但往往案情重大，为社会所高度关注。由于检察机关指控被告人的罪行严重，受现实司法环境制约，人民法院往往无法径行作出证据不足的无罪判决；由于证据尚存疑问，特别是定罪证据存有重大疑问，人民法院又不能作出有罪判决。这既是导致实践中有的案件久拖不决、超期羁押的重要原因，也是导致个别案件裁判出现冤错的重要原因。
（2）从司法实践看，此类案件存在明显的证据问题。有的属于相关证据有条件调取而未调取、有条件鉴定而未鉴定，可通过补查程序予以完善的情形；也有的是调查取证工作一时未取得有效进展，尚未达到法定起诉条件，但检察机关迫于社会、舆论等压力仍然起诉至法院。人民法院受理后，只能通过程序外的协商机制建议人民检察院补充侦查，但由于认识差异，往往难以达成一致意见。有的案件，迫于种种现实压力，法院不得不硬着头皮作出“留有余地”的有罪判决，最终酿成冤错案件。杜培武、李久明等错案就是这样形成的。
（3）对事实不清、主要证据不足的案件，适当设置“筛选”程序，待查清事实后、补充证据后重新起诉，一方面可以有效强化相关机关及时、全面收集、固定证据，严格审查证据的意识；另一方面，可以使一些起诉时证据存在缺陷、有条件补查补证的案件及时得到补救，避免因为时过境迁，无法补救，以至于放纵严重犯罪。特别是，可以使此类案件能够及时得到妥善处理，避免长期关押被告人，甚至错判无辜。
但也有意见认为，检察院作为代表国家对犯罪提起公诉的机关，拥有决定对案件是否起诉的权力。对于决定起诉的，法院无权驳回，如果法院审理后认为无罪，可以宣判无罪或者作出“证据不足，指控的罪名不能成立的无罪判决。”
经研究认为，检察机关作为国家公诉机关，其提起公诉的案件只要符合形式上的起诉标准，人民法院就应当开庭审理，庭审中由检察机关承担举证责任并承担举证不力或者不能的法律后果，人民法院通过庭审作出裁判，没有必要在开庭前对案件的材料和证据进行实质性审查，以防止重回“先定后审”的老路。考虑到修改后的刑事诉讼法对证据排除规则、刑事案件的证明标准已经作了明确规定，应当严格执行。对目前有的检察机关对个别社会影响大、公众关注度高，但证据收集还没有达到“确实、充分”，“综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑”的案件，出于种种原因，有的仍然起诉到法院，使法院处于“定放两难”的困难境地，这种情况也应当引起检察机关在决定是否提起公诉时给予足够的重视，对于二次补充侦查后仍然达不到证据确实、充分的，现行刑事诉讼法规定“可以”作出不起诉的决定，是不合适的，应当修改。因此，修改后的刑事诉讼法第一百七十一条规定：“……人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。”“对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。”“对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”
（二）增加了开庭前的准备程序
我国现行的刑事审判程序是起诉与庭审直接对接，在司法实践中，由于案卷材料、证据不移送法院，法官、辩护人基本都看不到案卷，在审判过程中存在一些问题：一是如果控辩双方准备的诉讼材料内容繁杂，证据和证人较多，案件争议点不明确，法官对即将开庭审理的案件重点审什么心中没底，甚至是将没有争议的事实、证据、证人等纳入庭审活动，既浪费了司法资源，又增加了当事人的诉讼负担。二是律师直到审判阶段可查阅的案卷材料极其有限，在庭审中难以提出高质量的辩护意见，会影响到庭审的公正性。三是法官对控辩双方是否要求法官或者合议庭人员回避，对哪些证据有异议，哪些证人需要出庭，都胸中无数。这些有关审判的程序问题都要到法庭审理过程中予以解决。这样就造成间断式的审理模式即开庭——休庭——再开庭——又休庭，一个案件需要经过多次开庭才能审理完毕，这是现行审理方式存在的严重缺陷。随着证人、鉴定人、警察必须出庭作证，审判的投入也会加大，如果再将有关程序问题放到开庭后解决，诉讼的投入与在庭前准备程序中就解决这些问题减少的诉讼资源消耗之间的悬殊差别将会更加明显。如果按照现行审判模式，国家的诉讼投入将不堪重负。因此，设置庭前准备程序，在庭前准备程序中消除可能造成审判中断和拖延的因素，以达到控辩审三方都对即将开庭审理的案件争点做到胸中有数，从而达到提高庭审质量，提高诉讼效率的目的，成为刑事诉讼参与各方的一致呼声。作为刑事诉讼程序的一个比较重大改革，这次修法在审判程序中增加了庭前准备程序。修改后的刑事诉讼法第一百八十二条第二款规定：“在开庭以前，审判人员可以召集公诉人、当事人和辩护人、诉讼代理人，对回避、出庭证人名单、非法证据排除等与审判相关的问题，了解情况，听取意见。”
应当指出的是，增加庭前准备程序的实际意义绝不仅仅是在审判人员的召集下，控辩双方对回避、出庭证人名单、非法证据排除等与审判相关的问题，了解情况，听取意见。它可以比较有效地解决目前控辩双方对证据掌握的不对称问题，比以前更能充分保障辩方诉讼权利的行使。控辩双方对需要通过证据规则排除的证据或者双方均无异议的证据加以确认，意味着双方对对方即将在法庭上使用的证据有较全面的了解；证人、鉴定人、警察出庭制度的确立，意味着今后对于那些对证人证言有异议且对定罪量刑有重大影响，需要证人出庭的案件，庭前准备会议一旦提出来，法官不能再像以往那样对辩方关于证人证言不实的辩解视而不见，不能像现在这样只在庭审时由公诉人将证人书面证言一念了之，而应当在庭前会议程序上将其列入需要出庭的证人名单。
（三）将量刑程序在法律中体现
最高人民法院提出，2008年以来，全国法院系统即开始有组织地推进量刑程序改革试点工作，对于促进审判公开，量刑程序在阳光下运行，使量刑方法更加科学规范，量刑尺度更加具体明确，量刑过程更加公开透明，量刑结果更加公正和均衡，宽严相济的刑事政策得到进一步落实，社会矛盾得到进一步化解，公正廉洁司法得到进一步保证等具有重要意义。统计数字表明，通过试行量刑规范化办理的案件，当庭认罪率、调解撤诉率、退赃退赔率和服判息诉率明显上升。案件的上诉率、抗诉率、上访申诉率普遍下降，进一步提高了刑事司法公信力，促进了和谐稳定，社会各界和人民群众对这项改革给予了充分肯定和积极评价。建议此次刑事诉讼法修改适时对相关问题作出原则规定，肯定改革成果，推进改革进一步深入开展。法庭辩论以法庭调查为基础，量刑程序的相对独立性，根本要靠法庭调查阶段对量刑事实能够进行相对独立的调查来保证、来体现。现行刑事诉讼法只规定在法庭辩论阶段控辩双方可以就定罪、量刑发表意见，不能有效解决当前量刑程序不能相对独立、重定罪轻量刑甚至法庭审理基本不涉及量刑的问题。此外，简易程序适用范围扩大后，对量刑事实、证据的调查和辩论就会成为庭审的重点。因此，有必要专门设置条文，规定量刑程序。修改后的刑事诉讼法第一百九十三条第一款采纳了这个意见：“法庭审理过程中，对与定罪、量刑有关的事实、证据都应当进行调查、辩论。”
（四）增加规定了中止审理程序
中止审理是人民法院在受理案件后，作出判决前，出现了一些使审判在一定时期内无法继续进行的情况，决定暂时停止案件审理，待有关情形消失以后，再行恢复审判的活动。现行刑事诉讼法对中止审理未作规定，但实践中存在着案件应当中止审理的情形。1998年最高人民法院《关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》对中止审理作了规定，对于在审判过程中，自诉人或者被告人患精神病或者其他严重疾病，以及案件起诉到人民法院后被告人脱逃，致使案件在较长时间内无法继续审理的，可以中止审理。修改后的刑事诉讼法第二百条综合考虑了自诉案件、公诉案件的情况对中止审理制度作了规定：“在审判过程中，有下列情形之一，致使案件在较长时间内无法继续审理的，可以中止审理：（一）被告人患有严重疾病，无法出庭的；（二）被告人脱逃的；（三）自诉人患有严重疾病，无法出庭，未委托诉讼代理人出庭的；（四）由于不能抗拒的原因。”“中止审理的原因消失后，应当恢复审理。中止审理的期间不计入审理期限。”
（五）完善简易程序
简易程序可以免除讼累，加快办案进度，节约诉讼成本，实现刑事案件的繁简分流，减轻诉讼当事人的诉讼负担。现行刑事诉讼法规定了简易程序，相关部门反映，简易程序在实践中存在以下几个问题：
一是简易程序适用范围太窄，只适用于自诉案件和可能判处三年有期徒刑以下的公诉案件，尚不能解决近些年来法院审判案件量大、需要繁简分流的问题。为了弥补简易程序适用面过窄的局限，缓解法院工作压力，2003年两高和司法部出台司法解释规定了“普通程序简易审”，规定除判处死刑的案件外，被告人对被指控的基本犯罪事实无异议、并自愿认罪的公诉案件，可以实行普通程序简易审，对审判程序作了一些简化，但这个规定缺少法律依据。现行刑事诉讼法规定公诉案件适用简易程序要经检察院建议或者同意，法院没有决定权。检察院不提出建议，法院一般就不能适用简易程序。有些案件法院和检察院对是否适用简易程序意见不一，需经多次协商，文书往来费时费力，还不如直接适用普通程序，这也是有些法院适用简易程序少的重要原因。
二是适用简易程序没有考虑被告人的意愿。目前适用简易程序的条件，没有将被告人是否认罪，对起诉书指控的犯罪事实无异议，并且同意适用简易程序作为前提条件。在审判实践中对被告人不认罪的或不愿意接受简易审判的，即便适用简易程序，审起来也简易不了。被告人认罪，对构成犯罪的主要证据没有原则性争议，说明主要犯罪事实和主要证据已经具备，剩下的主要是关于如何定罪和量刑的一些具体适用法律的问题，这样案件审起来才能简易。
三是目前简易程序检察院普遍不派员出庭，在法庭上一般由法庭书记员宣读起诉书，由法官独任审判。一些部门和专家认为，公诉案件检察院都应当派员出庭，只有法官面对被告人，这样的审判不像个诉讼。检察机关是代表国家对犯罪提起公诉的机关，又是法律监督机关，公诉人不出庭也不利于对审判活动进行监督。简易程序只是审判程序的简易，部门的职能不能减，控辩双方都应当出庭。
四是法律虽然规定简易程序不受普通程序规定的限制，但是具体怎么操作不够明确，没有充分体现出简易的特点。
在草案征求意见过程中，大多数意见对如何规定简易程序的认识比较一致，具体主要有以下建议：案件是否适用简易程序，应以被告人认罪和事实清楚、证据充分为前提，而不应过多注重刑罚轻重；决定是否适用简易程序要考虑被告人的意愿；对不适用简易程序的案件作出明确规定；检察院应当派人出庭；简易程序应当规定得具体一些，体现程序简化的特点。
修改后的刑事诉讼法对简易程序作了如下规定：
1.扩大了适用简易程序的案件适用范围和条件。修改后的刑事诉讼法第二百零八条规定：“基层人民法院管辖的案件，符合下列条件的，可以适用简易程序审判：（一）案件事实清楚、证据充分的；（二）被告人承认自己所犯罪行，对指控的犯罪事实没有异议的；（三）被告人对适用简易程序没有异议的。人民检察院在提起公诉的时候，可以建议人民法院适用简易程序。”
本条规定对适用简易程序的案件范围和条件作了如下修改：
一是将适用简易程序的案件范围从现行的“可能判处三年有期徒刑以下刑罚”的案件扩大到“基层人民法院管辖的案件。”从理论上讲，适用简易程序的范围已扩大到可能判处二十五年有期徒刑以下刑罚的案件。简易程序的扩大适用，能够使占案件总量绝大多数的简单刑事案件得到快速及时审理，必将大大提高审判效率，缓解“案多人少”的矛盾，从而使人民法院可以将更多精力、更多资源投入到重大、疑难、复杂案件的审理上，实现刑事审判工作的良性发展。
二是将被告人认罪作为适用简易程序的前提条件。司法实践证明，尽管罪行不严重，案情不复杂，但只要被告人不认罪，审理程序就难以简易。
三是增加了被告人对适用简易程序的选择权——“被告人对适用简易程序没有异议”。如果被告人不同意适用简易程序，就只能适用普通程序；被告人作为诉讼一方当事人，作为审判结果的承担者，应当有权对选择何种程序审判表达自己的意愿。
四是将现行“检察机关建议或者同意”作为法院适用简易程序的前提条件修改为检察机关向法院的建议权。
考虑一些案件的特殊情形，不宜适用简易程序，修改后的刑事诉讼法第二百零九条也对此作了规定：“有下列情形之一的，不适用简易程序：（一）被告人是盲、聋、哑人，或者是尚未完全丧失辨认或者控制自己行为能力的精神病人的；（二）有重大社会影响的；（三）共同犯罪案件中部分被告人不认罪或者对适用简易程序有异议的；（四）其他不宜适用简易程序审理的。”
修改后的刑事诉讼法在扩大简易程序适用范围之外，对具有特殊情形的案件，限制适用简易程序，有利于保障审判公正。
2.对简易程序的审判组织作了规定。关于简易程序的审判组织，讨论过程中有的意见提出，既然被告人本人承认所犯罪行，对起诉书指控的事实没有异议，简易程序完全可以由法官独任审判。也有的意见建议，由合议庭还是法官独任审判应当根据可能判处的刑期长短决定。对可能判处五年或者七年有期徒刑以下刑罚的，由审判员一人独任审判；对可能判处五年或者七年有期徒刑以上刑罚的，应当组成合议庭。主要理由是：法律将适用简易程序审理的案件规定为事实清楚、证据充分，被告人认罪的案件。此类案件，法庭审理和定罪量刑通常都相对简单；由于被告人已经承认所犯罪行，法庭审理主要围绕量刑进行，而随着量刑规范化改革的深入发展，公诉人对适用简易程序审理的案件也都派员出庭，独任审判完全能够保障公正审判，且更有利于提高审判效率。因此，建议进一步扩大简易程序独任审判的案件范围，以更好地发挥简易程序功能，构建更为科学的繁简分流机制。
考虑简易程序适用范围扩大后，对被告人的量刑幅度也由过去的三年以下扩大到二十五年有期徒刑。如此大的量刑幅度，增加了准确量刑的难度。根据目前我们国家的法官素质，由独任审判员审判，恐难以保证办案质量。为确保公正审判，体现慎重，修改后的刑事诉讼法第二百一十条第二款规定：“适用简易程序审理案件，对可能判处三年有期徒刑以下刑罚的，可以组成合议庭进行审判，也可以由审判员一人独任审判；对可能判处的有期徒刑超过三年的，应当组成合议庭进行审判。”对于可能判处三年有期徒刑以下刑罚的，司法实践中采用合议庭还是独任审判，由法院根据案件的具体情况，在确保案件质量的前提下决定采用何种庭审方式。
3.明确简易程序审理公诉案件，检察院应当派人出庭。关于适用简易程序审理公诉案件检察院是否应当派人出庭，在征求意见过程中也有过热烈讨论。检察机关认为，一般情况下，人民检察院不应当派员出庭。主要理由是：（1）适用简易程序的案件，对于犯罪较轻，被告人又认罪的案件，检察院派员出庭，意义也不大，没有必要派员出庭支持公诉。（2）均派员出庭不符合扩大简易程序适用范围，节省司法资源的立法初衷。（3）对于不派员出庭的案件，检察机关可以采取阅看庭审录像、笔录，回访当事人或者受理当事人、辩护人检举、投诉等方式，对审判活动进行法律监督。(4)简易程序检察院可以不派员出席法庭，已经实行十多年，实践中超过60%的适用简易程序审判的案件检察官不出庭，在执行中没有出现问题。规定简易程序案件全部派员出庭，缺乏足够的办案力量。目前刑事案件数量逐年上升，公诉人员的数量却基本没有增加，全国主诉检察官人均办案量和出庭量逐年增加，且主要集中在基层检察机关。考虑所有案件的阅卷、提审、审核证据、制作起诉书等一系列工作都必须在法定期限内完成，如果再规定简易程序案件一律出庭，基层院主诉检察官将不堪重负。建议规定对于被告人可能判处五年以上有期徒刑适用简易程序的案件，检察院应当派员出庭；五年以下的维持原规定。
考虑开庭审理公诉案件作为一个完整刑事审判，检察院派员出庭一方面是代表国家对犯罪提出指控，另一方面检察院作为法律监督机关，还负有对法庭定罪量刑是否公正合法进行监督的职责。如果简易程序中人民检察院不派员出庭，由法官代行控诉职能，宣读起诉书，出示证据，提出量刑建议，意味着法官身兼控诉和审判二任，其中立地位令人质疑，也不符合“控审分离”的基本要求。尽管简易程序的被告人对指控的犯罪事实没有异议，但量刑规范化以后，量刑环节未必与检察官意见一致。如果在庭审中出现被告人及其辩护人提出具有自首、立功等从轻减轻情节，或者对案件定性或量刑提出辩解，或者发现不宜适用简易程序审理的情况，需要决定是否转换程序，此时可能需要庭审法官与公诉人商量或征求意见，但因公诉人不出庭而导致此类情况难以处理，不利于审判活动的顺利进行，也就更无从发现审判中是否存在违反法定程序的情况，提出纠正意见了。
因此，修改后的刑事诉讼法第二百一十条第二款规定：“适用简易程序审理公诉案件，人民检察院应当派员出席法庭。”
4.进一步细化简易程序的审理程序，增加可操作性。从目前大量适用简易程序的刑事案件本身看，被告人对犯罪事实和主要证据供认不讳，对起诉书指控的内容没有异议，这样在法庭上控辩双方不形成对抗。对这一类案件，如果还要按刑事诉讼法的规定进行法庭调查、法庭辩论，双方当庭质证，形成抗辩式的审判，显得没有必要，既浪费人力、物力，又对保障当事人的诉讼权益没有太大的实际意义。修改后的刑事诉讼法对简易程序的审理程序进一步简化，体现了简易的程序特点。其中第二百一十一条规定：“适用简易程序审理案件，审判人员应当询问被告人对指控的犯罪事实的意见，告知被告人适用简易程序审理的法律规定，确认被告人是否同意适用简易程序审理。”第二百一十二条规定：“适用简易程序审理案件，经审判人员许可，被告人及其辩护人可以同公诉人、自诉人及其诉讼代理人互相辩论。”第二百一十三条规定：“适用简易程序审理案件，不受本章第一节关于送达期限、讯问被告人、询问证人、鉴定人、出示证据、法庭辩论程序规定的限制。但在判决宣告前应当听取被告人的最后陈述意见。”
5.延长了简易程序的审限。现行刑事诉讼法对简易程序规定了二十日的审理期限。最高人民法院提出，从司法实践看，一个法官手中往往同时有好几个案件，很难在规定的审限内审结。不少法院和法官，为有更长一些案件审理时间，对本可适用简易程序的案件也适用普通程序，使简易程序没有发挥应有的效果。修改后的刑事诉讼法第二百一十四条对简易程序的审限作了延长，将可能判处三年有期徒刑以上刑罚的适用简易程序的案件审理期限，由目前的二十日延长至一个半月：“适用简易程序审理案件，人民法院应当在受理后二十日以内审结；对可能判处的有期徒刑超过三年的，可以延长至一个半月。”
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